يرانيان از زمان هخامنشيان براي دريافت ماليات و امور مالي كشور دفاتر و سازمان هاي منظم و مرتبي داير كردند. در زمان ساسانيان اينگونه دفاتر و سازمان‌ها كاملتر شد و به سه گونه ماليات دريافت مي‌شد:1- ماليات اراضي يا خراج 2- ماليات سرانه 3- ماليات سرشماري.
اما پس از تسلط اعراب بر كشور ايران، به جاي خزانه داري كشور، واژه «بيت‌المال» در اسناد تاريخي جاي گرفت و ماليات به صورت زكات، صدقات و جزيه دريافت مي‌گرديد. اما با استقرار دولت‌هاي ايراني مجدداً وضعيت دفترهاي مالي كشور داراي نظم و ترتيب ديگري شد و سلسله پادشاهان ايران، بعد از حمله اعراب، هر كدام به روش خاصي به امورات مربوط به درآمد و هزينه كشور پرداختند.
بر اساس شواهد تاريخي در همه دوران، سلاطين و پادشاهان و خلفا توجه خاصي به خزانه داشته‌اند و همواره مراقب بوده‌اند كه حساب و كتاب داشته باشند. گر چه اين مراقبت و حساب خواهي نه براي حفظ وجوه عمومي يا به عبارت ديگر از راه دلسوزي به بيت المال، بلكه به اين دليل بوده كه آنها خزانه را ملك مطلق و مايملك شخصي خود مي پنداشتند و امور شخصي آنها به هر حال بايد از اين طريق اداره مي‌شد.
تعبير خزانه به شكل امروزي در ايران بعد از سال‌هاي انقلاب مشروطه مطرح شد. از آنجا كه در قانون اساسي انقلاب مشروطه نامي از خزانه برده نشده بود، بعد از انقلاب مشروطه نيز در قانون اساسي و متمم آن اشاره صريحي به خزانه نشده است، بجز اين كه در متمم اصل 100 تصريح شده است كه هيچ مرسوم و انعامي به خزينه دولت حواله نمي‌شود، مگر به موجب قانون .
پس از تشكيل مجلس و وضع قوانين براي امور مختلف مملكتي، قانوني هم به نام تشكيلات وزارت ماليه كل مملكت در سال 1286 هجري شمسي تصويب و ناصرالملك به عنوان نخستين وزير ماليه از مجلس شوراي ملي رأي اعتماد گرفت و در ماده (13) قانون تشكيل وزارت ماليه كل مملكت، اصول و وظايف خزانه داريكل تعيين شد.
در سال 1289 هجري شمسي، خزانه داريكل، گمرك و وصول عايدات به عنوان مهمترين سازمان هاي وزارت ماليه مطرح شد.
در سال 1290 وزارت ماليه به 9 اداره تقسيم شد: (دايره وزارتي، تشخيص عايدات و خالصات و مسكوكات خزانه داريكل، محاسبات كل و ديون عمومي و وظايف گمركات، محاكمات ماليه، كميسيون تطبيق حوالجات، پرسنل و ملزومات و مجلس ومشاوره عالي براي محاكمات اداري).
سال 1292 قانوني تحت عنوان «قانون تشكيل ترتيبات مالياتي مملكت ايران» به تصويب مجلس رسيد كه خزانه داريكل را مأمور نظارت مستقيم نمود و تشكيلاتي نيز مناسب وظايف مذكور در همين قانون پيش بيني شد.
در سال 1301 امور خزانه به دست يك مستخدم آمريكايي به نام ميلسپو سپرده شد.
در سال 1312، تغييراتي در وضع مالي و اقتصادي كشور به وجود آمد كه حدود 40 شركت بازرگاني تأسيس شد.
در سال 1349 قانون محاسبات عمومي جايگزين قانون سال 1312 شد.
لازم به ذكر است كه تشخيص ماليات بر عهده سازمان تشخيص و وصول ماليات‌ها به عهده خزانه بوده است.
در سال 1366 قانون جديد محاسبات عمومي كشور به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيد. در اين قانون، وظايف و تكاليف و اختيارات مشخصي در رابطه با پرداخت درخواست وجه ذيحسابان، واگذاري تنخواه گردان خزانه، استان و حسابداري، افتتاح حساب هاي بانكي براي تمركز وجوه درآمدها و ساير منابع تأمين اعتبار، افتتاح حساب‌ براي تمركز وجوه سپرده، افتتاح حساب هاي بانكي پرداخت براي وزارتخانه‌ها و سازمان‌هاي دولتي، تهيه و تنظيم حساب‌هاي دريافت و پرداخت ماهانه و اختيارات لازم درخصوص برداشت از ساير حساب‌ها براي رفع نيازهاي ضروري، براي خزانه تعيين شده است.
 
قانون اساسي و خزانه داريكل
 
به لحاظ اهميت جايگاه خزانه، يكي از اصول قانون اساسي جمهوري اسلامي به اين موضوع اختصاص يافته است.
اصل 53 چنين مقرر مي‌دارد: «كليه دريافت‌هاي دولت در حسابهاي خزانه داريكل متمركز مي‌شود و همه پرداخت‌ها در حدود اعتبارات مصوب به موجب قانون انجام مي‌گيرد.» 
 
 خزانه داريكل در قوانين عادي
اما جنبه اجرائي اين اصل، در قانون محاسبات عمومي كشور مصوب سال 1366 به تفصيل طي بند «الف» ماده (1) و مواد (11، 22، 24، 25، 26، 33، 39، 41، 42، 43، 54، 63، 66، 69، 74، 75، 76، 101، 103، 123، 124 و 125) و تبصره ماده (130) مشخص شده است.
در قانون تنظيم بخشي از مقررات مالي دولت مصوب سال 1380 نيز مواردي از نقش و وظايف خزانه داريكل مشخص شده است.
علاوه بر قوانين مذكور، همواره در قوانين بودجه سالانه (تحت عنوان ماده واحده، تبصره هاي بودجه و پيوستهاي آن، شامل درآمدها و ساير منابع اعتبار، هزينه هاي دولت اعم از اعتبارات تملك دارايي هاي سرمايه اي و اعتبارات هزينه اي به دو گونه: حقوق و مزاياي كاركنان دولت و ساير اعتبارات هزينه) و قوانين برنامه پنج ساله توسعه نيز مواد قانوني مرتبط با خزانه وجود دارد، از جمله آنها مي‌توان به مواد: (19- 71- 72- 73- 74- 76- 77- 80- 82- 93- 132- 134- 135- 142- 149- 155- 172- 191) قانون برنامه پنج ساله سوم توسعه و مواد (8- 10- 78- 82) برنامه چهارم توسعه و مواد (71- 77- 13- 134- 149) تنفيذي برنامه سوم توسعه اشاره كرد.
افزون بر قوانين ياد شده، قانون وصول برخي از درآمدهاي دولت و مصرف آن در موارد معين و قانون برنامه و بودجه و قانون تجارت و ساير قوانين و مقررات و آئين نامه‌ها و دستورالعمل‌هاي مربوط را مي‌توان به دامنه شمول كاري خزانه داريكل مرتبط دانست
از لحاظ تشكيلاتي شاخه معاونت هزينه و خزانه داريكل كشور، شامل 6 اداره كل است كه يكي از ادارات كل تابع اين معاونت اداره كل خزانه مي باشد و چارت سازماني اين اداره كل نيز به شرح پيوست مورد تصويب قرار گرفته است.